愚公生物-酶切杂带的罪魁祸首?全面了解星号活性

诺扬生物
2024-04-22

我们知道,限制酶作为DNA的“分子剪刀”,一般都是老老实实识别特定的DNA序列,并在特定的位置切开DNA。但有时,如果条件不合适,限制酶也会展现出一些“调皮”的行为,这就是所谓的“星号活性”(star activity)。


  01、星号活性的发现  

早在1975年,科学家们在研究限制酶EcoRI(典型酶切位点G↓AATTC)时就发现,如果把反应缓冲液中的离子强度降低,同时把pH值提高到8.5,EcoRI就会失去对两侧碱基的特异性,酶切位点变成N↓AATTN,即识别位点从六碱基变成了四碱基(图1)。1978年,德国科学家Hubert Mayer进一步发现,如果提高反应液中的甘油等有机物浓度,EcoRI等限制酶也会出现类似的非典型位点切割现象。Mayer在论文标题里,用EcoRI*-activity来表示这种非最优条件下的非典型切割现象,并在论文正文中首次提出了star activity概念。


  02、为什么叫“星号”活性  

大家一定很好奇,为啥要用“星号活性”这个词来描述限制酶这种非典型切割的活性呢?很可惜,首次提出这个概念的Mayer在论文里并没有说明原因。不过有两种说法来解释这个有意思的命名:

一种说法是,当反应条件发生变化时,限制酶出现了意想不到的行为,就像一颗游荡的星星(Star),在典型切割位点之外的其他位置切割DNA。因此使用star activity一词来描述这种不可预测的行为。

还有一种说法是,如果将典型的限制酶识别序列想象成地图上的主要路径,当限制酶处在非最优条件下时,会偏离主路径,朝其他方向运行,类似星形符号(*)的分叉。所以将这种活性命名为star activity。

  03、星号活性是随机切割的么?  

虽然星号活性是在典型位点之外的非特异性切割,但从最初对EcoRI的研究中大家就能看出来,星号活性也不是完全随便乱切的,只能叫部分非特异性切割。目前认为,星号活性是限制酶的内在性质,在非最优条件下,几乎所有限制酶都可能产生星号活性。目前研究者只鉴定出少数限制酶的星号识别序列,每种酶产生星号活性的机制也不一定完全相同,相关研究还比较缺乏。在《限制性内切酶在中国》一文中我们提到,中国的结构生物学家在这方面的研究走在世界前列。


  04、星号活性受哪些因素影响  

导致星号活性产生的因素有很多,比如限制酶过量、孵育时间过长、反应液中甘油浓度过高(>5% v/v)、低盐浓度(<25 mM)、非最佳pH、存在其他有机溶剂、存在除Mg2+之外的二价阳离子等(图2)。

图2 某限制酶星号活性展示


  05、如何控制星号活性  

绝大多数情况下,星号活性对酶切反应都是有害的,因此在实验中,我们应当采取措施避免出现星号活性。一般而言,使用厂家随酶提供的缓冲液,参照厂家说明书给出的反应条件进行实验就不会出现星号活性。但实际酶切反应操作中仍需遵循以下原则:

  • ▶   控制酶量和反应体积。限制酶一般贮存在50%甘油中,因此总酶量不应超过反应总体积的10%(例如双酶切总反应体积为20 μl,则两种酶合计加入的体积不应超过2 μl)。反应液体积不宜过小,以免反应过程中水分蒸发提高甘油浓度。

  • ▶   选择能完全切割所需的最短时间,过长反应时间可能会引起星号活性。

  • ▶   使用推荐的缓冲液,不同离子强度和pH值的缓冲液可能会引起星号活性。

  • ▶   确保反应体系中不含其他有机溶剂,如制备DNA过程中可能会混有的乙醇。

  • ▶   反应液中注意不要含有Mg2+之外的二价阳离子,其它二价阳离子不适合限制酶的活性位点,会对其正确识别造成干扰。

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